Návrh na založení muzejního spolku a muzea v Pelhřimově, podaný ředitelem reálného gymnázia Václavem Petrů, schválilo pelhřimovské obecní zastupitelstvo dne 11. září 1901. Základem muzejního fondu, který muzejní spolek spravoval a rozšiřoval, se stal materiál z Národopisné výstavy v roce 1895 a sbírka starožitností architekta Rožánka z Nových Dvorů. Počátkem roku 2003 se z bývalého Okresního muzea Pelhřimov stává, v důsledku změny územně správních celků, příspěvková organizace zřizovaná krajem Vysočina s názvem Muzeum Vysočiny Pelhřimov.
